Если после перезапуска веб-сервера попробовать посмотреть вывод функции phpinfo(), то можно увидеть следующие записи:

Т.е. переменные окружения пользователя, перезапустившего веб-сервер. Знать эту информацию пользователям виртуального хостинга ни к чему, поэтому лучше перезапускать веб-сервер следующим образом:

[sp@gate ~]> sudo env -i /usr/local/etc/rc.d/lighttpd.sh restart